Partindo de um bate papo inicial sobre questões referentes à arqueologia, história, pré-história (ou período pré e pós-colonial), a visita mediada ao MAI se inicia. Essa conversa é realizada junto à exposição “Arqueologia em Maquetes” que serve de inspiração para esse contato inicial com os visitantes. Em seguida, os grupos são conduzidos até as imediações do sítio arqueológico Duna Grande, momento no qual tratam-se dos povoamentos sambaquieiros, seus modos de vida e motivos de se estabelecerem nessa região, e da especulação imobiliária que destruiu totalmente outros dois sítios arqueológicos no período de desenvolvimento do bairro de Camboinhas, a Duna Pequena e o Sambaqui de Camboinhas.

O percurso tem continuidade pela praia, que é quando as questões referentes à comunidade tradicional de pescadores de Itaipu são trazidas para os visitantes. O grupo, em seguida, é levado de volta ao museu para compreender a dinâmica de ocupação do Recolhimento de Mulheres de Santa Teresa, os motivos da sua construção, a existência de tal instituição do século XVIII e quem ali era abrigado. Dá-se sequência à visita com a exposição “Percursos do Tempo – Revelando Itaipu” que faz uma síntese do que foi apresentado em todo o trajeto, para logo em seguida, quando se trata de grupos escolares de primeiro segmento do ensino fundamental, realizar a oficina de escavação. Nessa oficina, que sintetiza o trabalho de um arqueólogo, as crianças escavam objetos, fazem desenhos e anotações sobre os artefatos encontrados em uma simulação de sítio arqueológico que se encontra em um dos pátios do MAI.